Program ini pada awal berdirinya bernama Madrasah Aliyah Program Khusus (MAPK). MAPK didirikan berdasarkan Keputusan Menteri Agama No. 73 tahun 1987. Program ini didirikan sebagai koreksi atas pendidikan Islam ,terutama di bidang ilmu-ilmu agama, yang tidak dapat menghasilkan sarjana atau ulama yang memiliki kompetensi memadai. Hal ini dapat dilihat dari banyaknya sarjana Agama Islam yang tidak bisa membaca kitab kuning dan tidak menguasai bahasa Arab. Untuk itu, maka para pemikir pendidikan Islam pada waktu itu terutama para ulama' merasakan pentingnya meningkatkan mutu pendidikan di Perguruan Tinggi Islam dengan menyiapkan calon in put yang berkualitas. Untuk itulah maka didirikan Madrasah Aliyah Program Khusus yang didesain untuk melahirkan lulusan yang disiapkan menjadi in put IAIN dan Perguruan Tinggi Islam lainnya.
Pada awal berdirinya MAPK Surakarta hanya membuka kelas putra, kemudian pada tahun 1994 dibuka untuk kelas putri.
Program ini mengalami beberapa kali perubahan nama. Pemerintah dalam hal ini Departemen Agama telah merubah nama dan kurikulum sebanyak 3 kali. Pada tahun 1994 merubah MAPK menjadi MAK ( Madrasah Aliyah Keagamaan ). Pada tahun 2004 melebur MAK ke dalam Madrasah Aliyah dan berubah menjadi jurusan IAI ( Ilmu Agama Islam ). Kemudian pada tahun 2007 merubah IAI menjadi Program Keagamaan.
Perubahan MAK menjadi Program Keagamaan secara nasional telah menhapuskan system pendidikan model MAPK dan mengembalikan Jurusan Ilmu Agama Islam di madrasah seperti pada tahun sebelum 90-an.
Namun demikian di MAN 1 Surakarta model dan pola pendidikan MAPK yang dinilai berhasil menghadirkan pendidikan Islam yang berkualitas tetap dipertahankan. Seiring dengan semangat desentralisasi pendidikan, Program Keagamaan pada MAN 1 Surakarta dikelola dengan model MAPK dan diberinama Program Khusus.